Akcja dodatku rozpoczyna się bezpośrednio po zakończeniu wydarzeń z podstawowej wersji gry w wyniszczonym walkami City 17. Główny bohater Gordon Freeman został wyciągnięty z zawieszenia przez Vortiguanty, które miały wobec niego inne plany niż G-man. Ratują one także Alyx Vance. Bohaterowie zostają przeniesieni na teren tuż obok Cytadeli.
Freemana odnajduje pod stertą gruzu Dog. Doktor jest lekko ranny oraz ma tylko jedną broń, którą znajduje mu Dog: działko grawitacyjne. Następnie Alyx kontaktuje się z ojcem, Elim Vancem. Towarzyszący mu doktor Kleiner mówi jej, że główny reaktor może w każdej chwili eksplodować niszcząc całe miasto i radzi bohaterom go dezaktywować. W dostaniu się do Cytadeli pomaga im Dog - wsiadają do rozbitego samochodu, którym robot rzuca w stronę wyrwy w ścianie budynku. Podłoga się zapada, a Gordon i Alyx trafiają na niższe piętra. Po walkach z Kombinatem odnajdują rdzeń reaktora, który zasila całą Cytadelę i w każdej chwili może wybuchnąć. Gordon uruchamia trzy działa, które stabilizują rdzeń, odwlekając jego eksplozję, po czym powraca do Alyx. Okazuje się, ze żołnierze celowo chcieli przyspieszyć wybuch Cytadeli, aby wysłać wiadomość do świata Kombinatu. Alyx zabiera ze sobą kopię tej wiadomości, po czym po raz pierwszy bohaterowie widzą Combine Advisora. Później razem chcą uciec z budynku i spotykają nieznany rodzaj headcrab zombie.
Odnajdują windę, która umożliwi im ucieczkę, po czym uciekają z Cytadeli pociągiem transportującym Stalkery. Kiedy wydostają się na powierzchnię okazuje się, że City 17 zostało kompletnie zniszczone przez Kombinat. Na wielkim telebimie ukazuje się doktor Kleiner mówiący, żeby mieszkańcy uciekali z miasta. Po przejściu przez ulice opanowane przez Mrówkolwy, idą do szpitala, w którym oddziały Kombinatu walczą z zombie. Po stoczeniu walk dochodzą do Barneya, który prowadzi ich do buntowników, których trzeba ewakuować z miasta. Nagle atakuje ich oddział Kombinatu, który za wszelką cenę chcę im przeszkodzić. Po ich pokonaniu Barney i rebelianci odjeżdżają pociągiem. Alyx i Gordon próbują zrobić to samo lecz atakuje ich Strider. Po walce również się ewakuują. Parę chwil później wybucha rdzeń Cytadeli. Pociąg z bohaterami zdąża opuścić miasto jednak fala uderzeniowa wybuchu ich dogania i wykoleja wagony. Ostatnie co słychać to szept Alyx: Gordon!.



Skopiowane z http://pl.wikipedia.org/